Tag Archive: Phagen


Diplomarbeit – Woche 17

Schon 17 Wochen sitze an meiner Diplomarbeit. So lange, aber mir kommt es vor, als habe ich erst vor kurzem angefangen. Diese Woche habe ich viele Photolumineszenz Messungen gemacht, habe am AFM Schichtdicken vermessen und mit den Dip Coating Roboter versucht, die Phagen Template auszurichten . Es hat auch geklappt, die Phagen lagen nicht mehr kreuz und quer, sondern waren mehr zusammengedrängt.

Eintauchgeschwindigkeit: 0,5 cm/s; Auftauchgeschwindigkeit: 0,25 cm/s; Eintauchzeit 20 s.

Eintauchgeschwindigkeit: 0,5 cm/s; Auftauchgeschwindigkeit: 0,25 cm/s; Eintauchzeit 20 s.

Natürlich ist das Ergebnis noch verbesserungswürdig, aber ob ich das noch hinbekomme weiß ich nicht. Ich glaube eher nicht, dafür reicht die Zeit nicht. Man kann die Eintauchgeschwindigkeit variieren, die Auftauchgeschwindigkeit und die Eintauchzeit. Und natürlich kann ich auch die Konzentration und den Reinheitsgrad der Pahgensuspension ändern. 4 Parameter mit denen ich Spi8len könnte, wenn ich die Zeit hätte, aber am 12.2.2013 muß ich abgeben. Mir werden jetzt schon einige Leute fehlen.

Xenon Glühbirne für das Photolumineszenz Spektrometer.

Xenon Glühbirne für das Photolumineszenz Spektrometer.

Am Mittwoch haben wir einen kleinen Umtrunk auf dem Glühweinmarkt in Stuttgart gemacht. Es war schön und lustig. Davor gab es eine kleine Überschwemmung im Labor, ein Schlauch ist einem Wasserkanister für deionisiertes Wasser gesprungen und hat alles unter Wasser gesetzt. Eine Steckdose stand auch unter Wasser, aber es ist nix passiert, das deionisiertes Wasser einen Widerstand von über 18MΩ hat. Das ist sehr hoch. Glas, ein Isolator hat einen Widerstand von  1010 Ω. Am Donnerstag gab es dann die nächste Panne. In einem Labor gab es keinen Strom mehr und die Sicherungen im Labor waren noch alle drin. Dann mußte ich erst mal ein Paar Stationen abklappern, bis ich jemanden gefunden habe der auch etwas machen darf. Das ging dann aber auch sehr schnell. Und ich konnte mit meinen Experimenten loslegen.

Die Woche 16 gibt es hier zum Lesen.

Viel zu erzählen habe ich diesmal nicht. Es ist nicht viel aufregendes passiert. Wir haben unser Labor noch weiter eingerichtet, viele Glasgeräte geputzt, aber nicht mit der Hand,sondern mit einer Spülmaschine. Sonst wären wir zum Ende der Diplomarbeit bestimmt nicht fertig. Neben einräumen und Putzen habe ich weiter fleißig Zinkoxid abscheiden lassen und dann die Ergebnisse am AFM betrachtet und mit Photolumineszenz untersucht. Ausgewertet habe ich das noch nicht richtig,das werde ich nächste Woche machen. Geschrieben habe ich ich natürlich auch noch ein wenig, aber es geht zur Zeit recht schwerfällig. Besonders mit dem Theoriekapitel habe ich Probleme. Ich weiß, was ich drin stehen haben will, aber ich weiß nicht, wie ich es formulieren soll, klingt immer so hölzern noch und es ist so sprunghaft. Ich hoffe es läuft nächste Woche dann besser.

 Am Montag werde ich mich an den – Roboter setzten und versuchen meine Phagen auszurichten. Hoffentlich klappt es auch und dann kann ich euch auch mal wieder Photos zeigen und eventuell auch noch mal ein Video. Über die Theorie vom Dip-Coating muß ich mich auch noch etwas schlau machen. Es beruht auf dem Prinzip von Langmuir-Blodgett-Filmen. In der physikalischen Physik Vorlesung haben wird darüber auch etwas gelernt, ich muß mir mal meine Unterlagen anschauen. Und dann werde ich das auch kurz im Theorieteil zusammenfassen.

Aber nicht mehr dieses Wochenende,dafür bin ich zu müde und lustlos. Die letzten Wochen waren anstrengend.

Meine 14. Woche könnt ihr hier nachlesen.

Ich bin auch am Überlegen mein Diplomarbeit in Englisch zu schreiben. Was meint ihr denn dazu?

Diplomarbeit – Woche 12

Halbzeit!Jetzt bin ich schon 3 Monate am Diplomarbeit schreiben! Dass es so schnell geht hätte ich nicht gedacht. Am Anfang habe ich gedacht 6 Monate, das ist lang….und jetzt ist es doch sehr kurz.

Diese Woche ,es war eine kurze Woche, da am Donnerstag bei uns Feiertag war, habe wir weiter an der Mineralisationslösung gearbeitet. Und wir sind auf einem sehr guten Weg. Ich denke, nächste Woche müßte die Rezeptur dann stimmen und ich kann weiter mit meinen Experimenten machen. Es wird ja auch Zeit, sind ja schon 3 Wochen am werkeln. Ich habe immer mit den verschieden Mineralisationslösungen Silizium Substrate, auf denen Phagen und TMV immobilisiert waren, mineralisiert und anschließend das Ergebnis unter dem AFM angeschaut. Ich habe auch vor, über die neue Rezeptur für die Mineralisationslösung in meiner Diplomarbeit zu berichten.

Mein Testat für den Mitberichter habe ich fertiggeschrieben und meinen Betreuer zum Lesen gegen. Jetzt fehlt mir nur noch ein Termin. Mittwoch und Freitag habe ich am Ergebnis und Experimental Kapitel meiner Diplomarbeit geschrieben und etwas Literaturrecherche gemacht.

Mittwoch hatten wir eine Feueralarmübung mit Gebäudeevakuierung Ging sehr schnell, da ja alle wußten, wann die Sirene los geht und teilweise schon mit Jacken und Mantel bereit standen.

Hinterher gab es 3 Vorlesungen. Eine über Brandbekämpfung, dann eine über Sicherheit im Labor und die 3. über Hautschutz. Waren teilweise ganz witzig, aber neues gelernt habe ich nicht. Am Abend war ich dann auf der Halloween Party einer Kollegin.

Freitag war es sehr leer im Gebäude, viele haben den Freitag als Brückentag genutzt. Aber 5 fleißige Diplomanden sind trotzdem gekommen. Ich habe neben Schreibarbeit auch 1 Stunde Babysitter gemacht. Ich hoffe, nächste Woche habe ich wieder ein paar Bilder für euch.

Die Woche 11 könnt ihr hier lesen.

 

Diplomarbeit – Woche 11

Diplomarbeit – Woche 11

Die Zeit vergeht. Jetzt bin ich schon 11 Wochen mit meiner Diplomarbeit beschäftigt. Und ich fühle mich dort sehr wohl. Schade, dass ich für die Diplomarbeit nur 6 Monate Zeit habe. Ich würde da noch gerne weiter arbeiten. Aber darüber kann ich mir noch später Gedanken machen.

Wie ich letzte Woche schon geschrieben habe, hatten wir Probleme mit der Mineralisationslösung. Das Problem haben wir immer noch nicht gelöst, aber es sieht schon besser aus als letzte Woche. Inzwischen arbeiten 6 Leute an einer Lösung. Mineralisationsversuche auf Phagen und TMV habe ich für verschiedene Lösungsansätze durchgeführt.

Am Mittwoch habe ich die pH-Werte, nachdem ich eine fachkundige Einführung hatte, mit einer Diplomandin durchgeführt. Ich hatte leider zu wenig Lösung hergestellt, deswegen mußte ich das Glas und die Messelektrode schräg halten. Das ist vielleicht anstrengend, obwohl Glas und Elektrode nix wiegen.

Am Donnerstag durfte ich dann der Diplomandin zeigen, wie man meine Versuche macht. Jetzt habe ich dann einen Hiwi. Nachdem wir unsere Versuche unter dem AFM angeschaut haben, hatten wir eine Team Besprechung. Nach, ich denke es waren 30 Minuten, stand die weitere Vorgehensweise fest. Ich untersuche, ob sich der Ph- Wert verschiedener Mineralisationslösungen mit der Zeit ändert, mein Betreuer untersucht mit Hilfe dynamischer Lichtstreuung die Partikelgröße. Ideal wären so um die 5 nm. Wir sind zur Zeit bei 15 nm. Am Anfang der Woche hatten wir noch über 20 nm. Am Montag setzten wir uns wieder zusammen und besprechen die Ergebnisse. Dann wird weiter geplant. Inzwischen weiß ich auch die Menge an Lösung, die nötig ist, um die Messelektrode in der Halterung stehen zu lassen.

Auf meinen Silizium Wafern, auf denen ich 8 Zyklen mineralisiert habe, hat es eine optische Änderung gegeben. sie schimmern leicht bläulich.

So sehen die Wafer im Urzustand aus.

Meine Woche ist aber noch nicht ganz vorbei, ich habe noch ein paar Hausaufgaben mitgenommen. Ich will mich mit den Programmen Citavi (Literaturverwaltungssoftware) und Gwydion (Software zum Auswerten von AFM Bildern) beschäftigen und den Experimentalteil meiner Diplomarbeit etwas überarbeiten.

Diplomarbeit – Woche 10

Am Freitag habe ich meinen ersten Teil meiner Versuchsreihen erfolgreich abgeschlossen. Hat alles so geklappt, wie es sollte. Das war das positive Erlebnis meiner Uniwoche. Davor war es eigentlich wie immer Laborarbeit und Mikroskoparbeit im Wechsel. An und zu habe ich etwas geschrieben, am Testat für meinen Mitberichter. Fehlen noch ein paar Fotos und ich bin dann damit auch fertig.

Am Donnerstag gab es dann aber auch ein negatives Erlebnis und am Freitag auch. Für meine Versuche brauche ich das Polymere PVP. Die Charge, die ich bis jetzt immer genutzt habe und mit der die Versuche auch gut funktioniert haben gibt es nicht mehr. Das Polymere kann man zwar immer noch kaufen, aber die Molekulargewichtsverteilung ist nicht mehr gleich. Die Firma stellt das Polymere nur so her, dass ein bestimmtes mittleres Molekulargewicht garantiert werden kann. Aber die  es kann eine breite Verteilung vorliegen, oder eine schmale, usw. Meine Mineralisationslösung ist auf das alte Molekulargewicht eingestellt und auf Änderungen kann sie empfindlich reagieren.  Leider macht sie das auch. Testversuche, die ich Donnerstag gemacht habe und am Freitag am AFM angeschaut habe, waren leider nicht so schön. Das Zinkoxid hat sich leider nicht nur auf den Phagen und TMV abgeschieden, sondern auch sehr viel auf dem Silizium Substrat.

Ab Montag müssen wir, zum Glück brauchen einige die Lösung und viele können Versuche machen mit anderen Parametern, dann wieder eine neue Zusammensetzung finden. Hoffentlich klappt das schnell. Ich werde euch natürlich davon berichten.

Am Freitagnachmittag  haben wir ein Tischkicker Turnier gemacht. Es ging um den abteilungsintern WeWi-Pokal. Jeder hat mal mit jedem zusammen gespielt und auch gegen jeden. Ich kann Tischkicker leider überhaupt nicht, habe aber trotzdem 3 Punkte gemacht. Zum Abschluß haben wir dann noch eine knappe Stunde im Aufenthaltsraum gesessen und haben Kaffee getrunken und Mousse au Chocolat gegessen.

 

 

 

Diplomarbeit – Woche 7

Die 7. Woche war wieder von Laborarbeit und der Auswertung am geprägt. Zwischen drein habe ich auch immer wieder an meiner Diplomarbeit geschrieben. Ich bin schon bei 9 Seiten und das ohne Bilder. Bis jetzt habe ich nur Experimentalteil, Ergebnisse und etwas an Diskussion geschrieben. Mit dem Grundlagenteil habe ich noch immer etwas Probleme. Ich habe immer noch Formulierungsschwierigkeiten. Ich habe mir haben schon 2 Seiten mit Stichpunkten aufgeschrieben. Und noch ein paar Paper muß ich auch noch lesen. Das wird bestimmt schon. Bei dem Einleitungsteil meiner Praktikumsversuche hatte ich auch immer Schwierigkeiten beim Einleitungsteil. Am Freitag war ich dann zum ersten Mal am Rasterelektronenmikroskop, kurz REM. Mein Betreuer und ich wollten uns die Phagen mal unter dem REM angucken. Die Wafer für die Versuche das Mikroskop habe ich am Donnerstags vorbereitet. Als erstes mußte ich die Wafer auf Probenhaltern anbringen.

Diese wurden dann mit einer 0,8nm dicken Platin-Palladium-Schicht besputtert. Das ist nötig, damit die Probe leitfähig wird.

 

Und dann konnten die Proben in das REM eingebaut werden. Nachdem ein Vakuum von min. 10-5 bar erzeugt wurde, konnten die Elektronen die Wafer abrastern. Leider hat man auf den meisten Proben nicht viel gesehen. Wir wissen auch nicht warum. Aber ein paar Bilder sind doch gelungen. Die „Bilder“ vom AFM finde ich besser.

Am We, werde ich dann anfangen einen kleinen Zwischenbericht für meinen Betreuer zu schreiben.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Was ich in der 6. Woche erlebt habe, findet ihr hier.

Bilder und Videos sind auch vorhanden.

 

Diplomarbeit – Woche 5

Diese Woche war immer ein Wechsel zwischen Labor und AFM angesagt. Die Versuche haben auch so geklappt, wie es sollte. Das hat mich sehr gefreut. Das Zinkoxid hat sich brav auf den Phagen abgeschieden. Am Dienstag hatten wir unsere Teamsitzung. Auf dem Meeting gibt es erst mal Bekanntmachungen vom Chef. Dann hält immer jemand einen Vortrag über sein Forschungsgebiet. Nächsten Dienstag, als in meiner 6. Woche bin ich dran. Ich bin, so wie üblich, mal wieder aufgeregt. Nach der Sitzung gab es wieder leckeres Essen von einem Kollegen und dann noch Kuchen, weil wir 2 Geburtstagskinder hatten.

Donnerstag habe ich mit meinem Betreuer dann meinen Vortrag nochmal durchgesprochen. Er war zufrieden. Ich muß jetzt nur noch etwas am Layout arbeiten. und die Bilder bearbeiten. Das werde ich dann am Sonntag machen. Donnerstag war aber ein Stresstag. Ich wollte für eine Kollegin schnell ein paar Si-Wafer reinigen,aber dann ging der Plasma Cleaner nicht. Es gab kein Sauerstoff auf der Leitung. Ich habe meinem Betreuer Bescheid gesagt. Er hat dann kurz nach geschaut und dann mußten wir rum telefonieren und im Haus rumlaufen, damit wir jemanden finden konnten, der sich damit auskennt. Nach 45 Minuten hatten wir endlich jemanden gefunden. Problem ist wohl ein Magnetventil im Gasflaschenschrank, das öffnet sich nicht mehr. Wir müssen dann die Schrankfirma anrufen zwecks Reparatur. Das ist aber nicht so einfach, da Schrank dem Max –Planck –Institut gehört, unsere Abteilung aber zur Uni gehört. Das heißt, wir können nicht so einfach einen Reparaturauftrag erteilen. Wir brauchen das ok.

Die Wafer konnte man trotzdem noch reinigen, in dem man sie 1 Stunde lang bei 90°C in Piranha –Lösung kochte. Die Lösung besteht aus konzentrierter Schwefelsäure und Wasserstoffperoxid. Die Lösung kennt man auch unter den Namen Knabberwasser. Die Arbeit mit dem Plasma Cleaner ist einfach und schneller. Hoffe der ist bald wieder repariert.

Freitag war ich wieder am AFM, da gab es dann auch Probleme. Das Mikroskop hat andauernd das Messsignal verloren. Zum Glück konnte man das Problem leicht beheben. Der Laser mußte nur etwas justiert werden. Zum Glück.

 

Meine 4. Woche könnt ihr hier nachlesen.

Diplomarbeit – Woche 3

Huch und schon ist die 3. Woche rum. Habe auch viel gemacht. Denke ich jedenfalls. Gab auch keine Beschwerden. Ich hatte 2,5 Labortage gehabt 2 Tage am AFM und verbracht. Montag und Donnerstag war ich den ganzen Tag im Labor und habe meine Proben gereinigt und präpariert. Am Dienstag hatte ich eine kurze Besprechung mit meinem Betreuer. Wie es läuft usw. Am Donnerstag war ich am Dip Coating Roboter. Fotos und ein Video kommen davon auch noch, sobald ich davor dann Experimente mache. Ich muß den erst mal „programmieren“. Mit dem  Dip Coating Roboter kann man Gegenstände in Flüssigkeiten tauchen und wieder herausziehen. Alles mit definierter Ein- und Auftauchgeschwindigkeit, Verweildauer in der Flüssigkeit. Wie oft die Probe eingetaucht werden soll und ob es mehrere Flüssigkeiten gibt kann man auch programmieren. Ich will mit dem Roboter versuchen, ob man damit die Phagen ausrichten kann. Alle sollen mehr oder weniger parallel. auf dem Wafer liegen. Am besten wäre ja alle parallel. Ein AFM-Bilder  von meinen Proben habe ich auch. Und ein kleines Video. Versuche es aber mal besser hinzu bekommen.

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Meine 2. Woche könnt ihr hier lesen.

Diplomarbeit – Woche 2

Ja und schon ist die 2. Woche rum. Das ging schnell. Und viel zu berichten habe ich auch nicht. Nein, ich war nicht faul. Das denkt ihr auch nicht von mir, oder?

Montag, Dienstag und Mittwoch habe ich Literatur ,sogenannte Paper, gelesen. Ich habe mir Notizen gemacht und diese auch auf einen Stichwortzettel gesammelt. Für mein „Grundlagen“ Kapitel in meiner Diplomarbeit. Außerdem habe ich an meiner Präsentation gearbeitet. Im September muß ich meine Diplomarbeit vorstellen: Was ich mache, den Prozess beschreiben, was ich Plane und 1. Ergebnisse. Ein Teil von Experimentalteil habe ich auch schon geschrieben. Dann habe ich noch eine Übersichtstabelle in Excel erstellt, damit ich nicht die Übersicht verliere. Ich werde einige Proben haben.

Donnerstag habe ich vormittags die ersten drei Tage der Woche weitergeführt. Am Nachmittag war ich endlich wieder im Labor. Nach dem ich die Wafer gereinigt habe, habe ich sie wieder mit Phagen behandelt und dann in Methanol gelegt, um zu untersuchen, welchen Einfluß Methanol auf die Form und Stabilität der Phagen hat. Dann habe ich noch extra gereinigte Phagenlösungen verdünnt.

Freitag, der letzte Arbeitstag. Heute war ich den ganzen Tag im Labor. 11 Proben habe ich heute angefertigt. 2 Mineralisationsproben und 9 Konzentrationsproben. Insgesamt habe ich jetzt 21 Proben, die ich mir nächste Woche unter dem AFM angucken werde.

 

Hier findet ihr alle Bilder

Wie die 1. Woche war,könnt ihr hier lesen